スタンダードＭＩＤＩファイル（SMF）は「時間軸にそったMIDIデータ情報」であり、休符の概念がありません。
そのため、レコンポーザにおいて「トラックのある位置から以降、休符以外にデータがない」ようなデータの場合、「そのトラックはそこで演奏が終わっていて、以降、データは何も存在しない」ということになり、スタンダードMIDIファイルに保存した時点で、「ある位置から以降、トラックの最後まで全部休符」というような小節データは、消失します。
これはSMFの仕様によるものですので、あしからずご了承ください。