エディットモードが「MIDI（fkey）」になるように設定されていると、音符は、MIDIキーボードの鍵盤を押さえながら（またはピアノパレットをクリックしながら）、ファンクションキーを押すと入力される状態になります。

このとき、ファンクションキーを押しただけでは「音の高さが指定されていない」ということで、休符のみが入る状態になります。（これは仕様です）

トラックウインドウがアクティブになっている状態で、メニューバーの「その他」→「エディットモードの切り替え」を開き、「MIDI（fkey）」以外のモードに設定していただくと、この状態は回避されますので、お試しください。

（また、エディットモードは「＝」キーで切り替えることもできます）